Las amenazas, las persecuciones, la prisión y la hoguera, han estado a menudo presentes en el desarrollo de los conflictos doctrinales que han marcado la vida religiosa de la Cristiandad en la Edad Media. En las causas de este ambiente represivo, se han entreverado los motivos dogmáticos con los políticos, como en el caso de las disputas de los concilios ecuménicos, mientras que en otras ocasiones han predominado el ardor religioso, la defensa de la dignidad institucional e incluso las envidias o las fobias personales. Sin embargo, con la implantación y el auge
de las universidades en la Europa cristiana, ya en pleno periodo bajo-medieval, surge un nuevo tipo de conflicto dogmático en que la condena adopta formas racionales, desde el momento mismo de la acusación, siguiendo por el proceso, la sentencia y su ejecución, reguladas por procedimientos formal y estatutariamente establecidos.
El fenómeno de la censura académica parte de la defensa de determinadas posiciones teológicas y filosóficas por parte de los actores que están implicados de uno u otro modo en la institución universitaria (esencialmente maestros y estudiantes, aunque también autoridades de las órdenes religiosas e incluso de la misma Iglesia), continúa con la presentación de una acusación por parte de cualquier par del acusado o de cualquier autoridad académica o religiosa, sigue con una investigación que adopta la forma de una disputa filosófica y jurídica, y concluye con una sentencia condenatoria y su ejecución, bien dentro del ámbito académico, o, en los casos más graves, en el eclesiástico, religioso o civil.
En consecuencia, las listas de artículos condenados son, en principio, una relación de tesis sostenidas por escolares concretos en el curso de su enseñanza oral o por escrito, que han sido consideradas erróneas por un tribunal formado por teólogos y que han sido sancionadas por la autoridad académica o religiosa legitimada para ello. Sin embargo, estos artículos no se limitan a hacer explícitas tesis teológicas o filosóficas más o menos heréticas desde un punto de vista meramente teórico, sino que, en su redacción, se concentran el contexto dogmático, institucional, político, y, sobre todo, las cambiantes relaciones de poder hegemónicas en el ámbito institucional universitario, religioso y eclesial de un momento y un lugar determinado.
Esto explica, por ejemplo, que la lectura escolar de los libros aristotélicos sea prohibida en una universidad y prescrita como obligatoria en los estatutos de otras, o poco después en esa misma universidad en que había sido condenada, o que un tribunal universitario condene lo que otro al que se apela, generalmente dependiente del papado, acabará por juzgar ortodoxo; por no hablar de las contradicciones, que no son raras, entre tesis condenadas en una misma lista.
La fragmentación del espacio político y religioso medieval explica que el alcance geográfico de los decretos condenatorios fuera motivo de permanente discusión, pues numerosos maestros en artes, e incluso teólogos, se escudaban en el principio excommunicatio non transit mare vel diocesim, lo que implicaba que una condena sólo tenía legitimidad en la diócesis en había sido promulgada. Acogiéndose a ello, por ejemplo, en un célebre episodio de 1229, la universidad de Toulouse permitió leer y comentar los libros aristotélicos qui fuerant Parisiis prohibiti, provocando con ello una crisis en esa ciudad cuando maestros y estudiantes la abandonaron buscando la libertad que les ofrecía otra universidad. Para recalcar la carencia de autoridad del obispo de París sobre ellos, los ingleses solían aducir que una condena non transit mare, los italianos y los españoles que non transit montes, mientras que otros, como Duns Escoto, en consonancia con la política general de los franciscanos en su momento, pues en 1292 prohíben a los hermanos de la orden contradecir el decreto de Tempier, son contrarios a la limitación geográfica de las consecuencias de la condena universitaria, alegando que tenía el apoyo de la sede apostólica, cuya autoridad es universal, y que, además, debería considerarse de aplicación general la declaración de impiedad de cualquier tesis que hubiera sido solemnemente condenada en alguna universidad1.
Son los teólogos los que asumen el poder de determinar si una enseñanza es ortodoxa o heterodoxa, y el papa y los obispos únicamente tienen una función punitiva. Por ello, los tribunales de la universidad de París eran reconocidos en toda la cristiandad, puesto que esa universidad congregaba a los maestros de todas las órdenes y a los seculares de todas las naciones, siendo sus teólogos los que gozaban de mayor prestigio. Así que, ya en el siglo XIV, frente a los debates sobre la jurisdicción episcopal del siglo anterior, los doctores de la Facultad de Teología de París gozaban de una autoridad a la que incluso se sometían el obispo y el propio papa, como habría de sufrir en sus propias carnes el orgulloso Juan XXII en relación con sus opiniones.
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